Компания Native Instruments открывается в небольшом офисе в Берлине. Компьютерный инженер Стефан Шмитт торговавший на тот момент микшерными пультами стал ее отцом основателем. Являясь по совместительству еще и музыкантом Стефан понимает, что все существующие на тот момент синтезаторы очень дорогие, крупногабаритные и как правило имеют ограниченные возможности. В процессе поиска лучшего решения этих задач он понимает, что обычный компьютер можно использовать как мощнейший музыкальный инструмент. Совместно с программистом Волкером Хинцом они создают модульный программный синтезатор, которому дают название GENERATOR, это было радикально новаторское решение. Выражая звуковую гибкость он позволял создавать любой вид обработки и генерации звука.

В 96-м году они совершенствуют GENERATOR, превращая его в полностью рабочий инструмент. Теперь доведенный до ума, он способен в режиме реального времени воспроизводить звук на первых ПК Pentium того времени. Во Франкфурте в этом же году они презентовали его на выставке Musikmesse, где GENERATOR завоевал интерес уже на международном уровне. После такого уcпеха Хицц и Шмидт официально регистрируются как Native Instruments GbR и в следующем году начинают продавать GENERATOR как коммерческий продукт.

В 97-м году к Шмидту и Хицц в компанию приходят новые четыре человека. Native Instruments начинает свое развитие как крупное экономическое предприятие. Теперь компания состояла из 6 акционеров и офис переехал в Митте. C течением времени Generator разросся в целое семейство новых продуктов REAKTOR, DYNAMO и TRANSFORMATOR, которые значительно расширяли творческие аспекты.

Вскоре перед командой Native Instruments встает новая технологическая проблема - реанимация двух старинных и популярных инструментов Sequential Circuits Prophet 5 и Hammond B3. Результатом работы команды стали инструменты PRO-5 и B4, которые успешно вышли на рынок в 2000-м году. Это был настоящий прорыв в сфере виртуального звука, по достоинству эти продукты оценили и критики, после чего PRO-5 и B4 получили по праву статус профессионального оборудования.    

На протяжении следующих нескольких лет Native Instruments выпускает широкий спектр инструментов и оборудования: барабанный семплер BATTERY, усовершенствованный семплер KONTAKT, TRAKTOR DJ Studio. Результатом столь продуктивной работы стало открытие офиса в Лос-Анджелесе и выход на рынок нового света. 2004 год, Native Instruments переворачивает представление людей о записи гитары, выпуская на рынок GUITAR RIG. К этому времени в компании уже работает около 70 сотрудников, растут производственные линии и количество офисов как в Берлине так и в Америке. GUITAR RIG 2 с его сложным ножным контролером и интегрированным USB аудио интерфейсом был представлен в 2005 году на выставке AES в Нью-Йорке, где произвел неизгладимое впечатление на посетителей. 

На данный Native Instruments момент выпущены такие известные продукты как: KORE, AUDIO KONTROL 1 – первый специализированный NI аудио интерфейс, поколение виртуальных синтезаторов MASSIVE, TRAKTOR SCRATCH PRO. Сейчас в компании работает около 250 сотрудников, а с 2009 года новым техническим директором и президентом компании является Мэйт Галик.